L'isola di Ponza popolata fin dal neolitico,occupata in primo tempo dai fenici che l'adibirono a scalo commerciale, nell'VIII secolo a.C. fu colonzzata dai Greci, e secondo numerosi storici il nome deriverebbe dal greco antico Pòntos o Pontia, ossia "MARE" Nel 312 a.C. arrivarono i Romani che destinarono l'isola a luogo di confino, ma anche di villeggiatura, infatti sono numerosi i resti presenti, tra cui la villa Romana a Punta Madonna e le grotte di Pilato adibite ad essa.

Le grotte di Pilato sono un complesso archeologico risalente al I secolo a.C., così chiamate proprio per Pilato di Giudea che fu inviato sull'isola per sedare delle rivolte, riuscendo nel proprio incarico gli venne attribuito l'appellativo di Ponzio, e l'incarico di senatore che poi lo condusse in Palestina per dominare gli Ebrei ribelli.

Le grotte erano collegate alla Villa Imperiale tramite delle scale e tra di esse tramite dei cunicoli che consentivano con l'ausilio di saracinesche il passaggio dell'acqua e dei pesci da una vasca all'altra favorendo così anche un costante ricambio d'acqua.La vasca centrale era in origine decorata da mosaici,stucchi ed apparati scultorei , perché in essa venivano svolte anche attività religiose e propiziatorie .